मृदा में प्रदूषकों को सूक्ष्मजीवों द्वारा तोड़ा जा सकता है। यह प्रक्रिया कहलाती है

जैव-उपचारण (bioremediation) मृदा-प्रदूषकों का सूक्ष्मजीवों द्वारा हानिरहित पदार्थों में विघटन है।

प्रोबायोटिक्स लाभकारी आंत्र-सूक्ष्मजीव हैं, जिनका मृदा-सफ़ाई से संबंध नहीं।

जैव-संवर्धन (bioaugmentation) अपघटन बढ़ाने हेतु विशिष्ट सूक्ष्मजीव जोड़ता है पर यह एक संकीर्ण तकनीक है।

यह कहना कि कोई लागू नहीं, ग़लत है क्योंकि प्रदूषकों का सूक्ष्मजीवी विघटन ही जैव-उपचारण है।

बैक्टीरिया और कवक मृदा में तेल व कीटनाशक जैसे संदूषकों का उपापचय करते हैं।

पादप-उपचारण (phytoremediation) एक संबंधित विधि है जो प्रदूषक निकालने हेतु पौधों का प्रयोग करती है।